「京」利用先導的事例 – フラグメント分子軌道(FMO)計算によるモデリング
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概要 HPC/PFシステム上からFMO2-MP2法によるエストロゲン受容体とそのリガンド(エストロゲン:EST)複合体(下図)の全電子計算を実行した。 分子組成:C284H452O76N62S7 フラグメント数:52 使 [全文を読む]
概要 HPC/PFシステム上からFMO2-MP2法による小規模タンパク質TrpCage(下図)の全電子計算を実行した。 分子組成:C98H150O29N27 フラグメント数:20 使用ソフトウェアモジュール ABINIT [全文を読む]
概要 ABINIT-MP (Ver. 6.0) に実装されている通常のMP2計算法(MP2)、コレスキー分解を利用した高速MP2計算法(CDAM)について、4種のデータを用い、FOCUSスパコンEシステム上で性能評価を行 [全文を読む]
概要 ProteinDF Ver.2014.0 の実行性能を、アラニン 10残基モデルを用いて測定した。解法は、dynamic-replica法、distributed法、コレスキー分解(CD)法が実装されている。これら [全文を読む]
概要 大規模なタンパク質の実証計算として、インフルエンザウイルスヘマグルチニン(HA)とFab抗体の複合体(原子数が14086個)のFMO-MP2/6-31G計算を行った[1,2]。 図1. HA-Fab 関連モジュール [全文を読む]
概要 大腸菌のcyclic-AMP受容タンパク質(CRP)とDNAとの相互作用について、IFIE map解析を行った[1,2]。 関連モジュール BioStation Viewer 解析モデル cyclic-AMP受容タ [全文を読む]
概要 エストロゲン受容体(ER)50残基モデルに対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー(IFIE)を求めた[1-3]。 関連モジュール BioS [全文を読む]
概要 相互作用エネルギーの見積もりの際、モノマーとダイマーの各計算対象における基底空間の違いを要因として、基底関数重ね合わせ誤差(Basis Set Superposition Error; BSSE)を生じ、過大な安定 [全文を読む]
概要 小規模タンパク質TrpCage(図1)に対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー(IFIE)について比較した。 図1. TrpCageの構造 [全文を読む]
概要 DNA2塩基対(AT塩基対、CG塩基対)に対して、FMO計算をHF法、MP2法、MP3法、MP2.5法に基づき行った。基底関数は6-31G、6-31G*基底を用い、各塩基間のフラグメント間相互作用エネルギー(IFI [全文を読む]
概要 DNA2塩基対(AT塩基対、CG塩基対)に対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー(IFIE)を求めた。図1にDNA2塩基対(AT塩基対、C [全文を読む]
概要 構造を動かしての量子化学計算の検証例 関連モジュール ProteinMD 解析モデル M2タンパク質 計算条件 ・B3LYP ・構造最適化 実行環境 CPU: GPU: Memory: HDD: 詳細説明 M2タン [全文を読む]
概要 分子軌道の空間分布と分子軌道エネルギーの分布との相関を,タンパク質の構造と関連付けて解析する方法 最小は原子から、アミノ酸残基の主鎖・側鎖、二次構造といった単位で、タンパク質の局所電子状態密度(LDOS)を解析 関 [全文を読む]
概要 HF法によるNMR計算検証α版 ProteinDFとは独立したモジュールとして実装 解析モデル スズメバチ毒素成分の15残基ペプチドmastoparan-XによるNMR計算例 ・PDBの分子構造データ [全文を読む]
概要 複雑かつ多くの色素を持つ巨大タンパク質の全電子計算 関連モジュール ProteinEditor 解析モデル •紅色光合成細菌(Rhodobacter Sphaeroides) 野生種 •参照PD [全文を読む]
概要 最も単純な実例として、グリシン(Gly)15量体についてABINIT-MPにより計算した例について紹介する。 Gly15量体のMP2計算を、フラグメント分子軌道(FMO)法(ESP近似有り、無し)、通常の分子軌道( [全文を読む]
概要 本格的なタンパク質全電子計算 解析モデル 133残基 2157原子 1BBN 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memo [全文を読む]
概要 本格的なタンパク質全電子計算 解析モデル 100残基 1475原子 1JBI 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memo [全文を読む]
概要 持続型インスリンGlargineの全電子計算 関連モジュール ProteinEditor 解析モデル 52残基 813原子 1AI0:A/Bを基にアミノ酸残基置換 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネ [全文を読む]