分子系ものづくりシミュレーションソフトウェアの性能評価―ProteinDF―
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概要 ProteinDF Ver.2014.0 の実行性能を、アラニン 10残基モデルを用いて測定した。解法は、dynamic-replica法、distributed法、コレスキー分解(CD)法が実装されている。これら [全文を読む]
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概要 ProteinDF Ver.2014.0 の実行性能を、アラニン 10残基モデルを用いて測定した。解法は、dynamic-replica法、distributed法、コレスキー分解(CD)法が実装されている。これら [全文を読む]
概要 構造を動かしての量子化学計算の検証例 関連モジュール ProteinMD 解析モデル M2タンパク質 計算条件 ・B3LYP ・構造最適化 実行環境 CPU: GPU: Memory: HDD: 詳細説明 M2タン [全文を読む]
概要 分子軌道の空間分布と分子軌道エネルギーの分布との相関を,タンパク質の構造と関連付けて解析する方法 最小は原子から、アミノ酸残基の主鎖・側鎖、二次構造といった単位で、タンパク質の局所電子状態密度(LDOS)を解析 関 [全文を読む]
概要 HF法によるNMR計算検証α版 ProteinDFとは独立したモジュールとして実装 解析モデル スズメバチ毒素成分の15残基ペプチドmastoparan-XによるNMR計算例 ・PDBの分子構造データ [全文を読む]
概要 複雑かつ多くの色素を持つ巨大タンパク質の全電子計算 関連モジュール ProteinEditor 解析モデル •紅色光合成細菌(Rhodobacter Sphaeroides) 野生種 •参照PD [全文を読む]
概要 本格的なタンパク質全電子計算 解析モデル 133残基 2157原子 1BBN 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memo [全文を読む]
概要 本格的なタンパク質全電子計算 解析モデル 100残基 1475原子 1JBI 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memo [全文を読む]
概要 持続型インスリンGlargineの全電子計算 関連モジュール ProteinEditor 解析モデル 52残基 813原子 1AI0:A/Bを基にアミノ酸残基置換 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネ [全文を読む]
概要 超速効性インスリンAspartの全電子計算 関連モジュール ProteinEditor 解析モデル 51残基 784原子 1AI0:A/Bを基にアミノ酸残基置換 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネル [全文を読む]
概要 超速効性インスリンアナログLisproの全電子計算 関連モジュール ProteinEditor 解析モデル 51残基 786原子 1AI0:A/Bをもとにアミノ酸残基置換 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS [全文を読む]
概要 A/B鎖2ペプチドホルモンインスリンの全電子計算 解析モデル 51残基 786原子 1AI0:A/B 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CP [全文を読む]
概要 小タンパク質全電子計算 解析モデル 46残基 642原子 1EJG 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memory: H [全文を読む]
概要 ペプチド鎖全電子計算 解析モデル 11残基 135原子 1FUL 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memory: HD [全文を読む]
概要 ペプチド鎖全電子計算検証 解析モデル 11残基 135原子 1FUV 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memory: [全文を読む]
概要 ペプチド鎖全電子計算検証 解析モデル 9残基 134原子 1NPO:B 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memory: [全文を読む]
概要 単純ペプチド鎖の全電子計算 解析モデル 127原子 1CS9 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memory: HDD: [全文を読む]
概要 鉄ポルフィンの分子軌道計算 解析モデル 37原子 モデリング 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中 実行環境 CPU: GPU: Memory: HDD: 詳細説 [全文を読む]
概要 密度汎関数法に基づく分子軌道法を用いてヘムタンパク質であるミオグロビンの電子状態計算を行う。 ヘムの電子状態計算そのもの、ならびにヘテロ分子の取り込み方の習得を行う。 ヒスチジンの互変異生体による電子構造差異を解析 [全文を読む]
概要 密度汎関数法に基づく分子軌道法を用いてグルカゴンの電子状態計算を行う。 半自動計算法QCLOの習得を行う。 望みの部位の局所状態密度を評価する。 関連モジュール ProteinEditor 2012 解析モデル 計 [全文を読む]
概要 ガウス型基底関数を用いる密度汎関数(DF)法に基づく分子軌道計算プログラム ProteinDFとは 金属を含むタンパク質の全電子カノニカル分子軌道計算が可能なソフトウェアとして設計・開発 ガウス型基底関数を用いる密 [全文を読む]