「京」利用先導的事例 – フラグメント分子軌道(FMO)計算によるモデリング
ソフトウェア > ライフサイエンス > フラグメント分子軌道法 > ABINIT-MPそのほかの分類 > 「京」利用先導的事例
16件
概要 HPC/PFシステム上からFMO2-MP2法によるエストロゲン受容体とそのリガンド(エストロゲン:EST)複合体(下図)の全電子計算を実行した。 分子組成:C284H452O76N62S7 フラグメント数:52 使 [全文を読む]
概要 HPC/PFシステム上からFMO2-MP2法による小規模タンパク質TrpCage(下図)の全電子計算を実行した。 分子組成:C98H150O29N27 フラグメント数:20 使用ソフトウェアモジュール ABINIT [全文を読む]
概要 ABINIT-MP (Ver. 6.0) に実装されている通常のMP2計算法(MP2)、コレスキー分解を利用した高速MP2計算法(CDAM)について、4種のデータを用い、FOCUSスパコンEシステム上で性能評価を行 [全文を読む]
概要 大規模なタンパク質の実証計算として、インフルエンザウイルスヘマグルチニン(HA)とFab抗体の複合体(原子数が14086個)のFMO-MP2/6-31G計算を行った[1,2]。 図1. HA-Fab 関連モジュール [全文を読む]
概要 大腸菌のcyclic-AMP受容タンパク質(CRP)とDNAとの相互作用について、IFIE map解析を行った[1,2]。 関連モジュール BioStation Viewer 解析モデル cyclic-AMP受容タ [全文を読む]
概要 エストロゲン受容体(ER)50残基モデルに対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー(IFIE)を求めた[1-3]。 関連モジュール BioS [全文を読む]
概要 相互作用エネルギーの見積もりの際、モノマーとダイマーの各計算対象における基底空間の違いを要因として、基底関数重ね合わせ誤差(Basis Set Superposition Error; BSSE)を生じ、過大な安定 [全文を読む]
概要 小規模タンパク質TrpCage(図1)に対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー(IFIE)について比較した。 図1. TrpCageの構造 [全文を読む]
概要 DNA2塩基対(AT塩基対、CG塩基対)に対して、FMO計算をHF法、MP2法、MP3法、MP2.5法に基づき行った。基底関数は6-31G、6-31G*基底を用い、各塩基間のフラグメント間相互作用エネルギー(IFI [全文を読む]
概要 DNA2塩基対(AT塩基対、CG塩基対)に対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー(IFIE)を求めた。図1にDNA2塩基対(AT塩基対、C [全文を読む]
概要 最も単純な実例として、グリシン(Gly)15量体についてABINIT-MPにより計算した例について紹介する。 Gly15量体のMP2計算を、フラグメント分子軌道(FMO)法(ESP近似有り、無し)、通常の分子軌道( [全文を読む]
概要 フラグメント分子軌道法を用いてタンパク質-リガンド複合体の電子状態計算を行うとともに、フラグメント間相互作用エネルギー解析により、リガンドと各アミノ酸残基との相互作用を定量的に評価する。 インフルエンザウイルスのN [全文を読む]
概要 FMO法に基づく部分構造最適化により、実験構造の精密化を行った。アミノ酸-アミノ酸間やアミノ酸-リガンド間などの相互作用を解析する上でより 信頼できる立体構造を得ることは極めて重要であるが、ABINIT-MPではM [全文を読む]
概要 フラグメント分子軌道法を用いてタンパク質-リガンド複合体の電子状態計算を行うとともに、フラグメント間相互作用エネルギー解析により、リガンド と各アミノ酸残基との相互作用を定量的に評価する。 さらに、アポ状態のタンパ [全文を読む]
概要 非経験的フラグメント分子軌道法(FMO法)による量子化学計算プログラムABINIT-MP. 【抗インフルエンザ薬の開発】など 特徴等 ABINIT-MPはフラグメント分子軌道(FMO)法を実装したプログラ ムである [全文を読む]