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概要 ここではOpenFOAM[OpenFOAM]を用いて，ERCOFTAC SIG15[SIG15]のTest Case 9.3: Periodically perturbed separated flow over [全文を読む]
概要 ここではOpenFOAM[OpenFOAM]を用いて，ERCOFTAC SIG15[SIG15]のTest Case 9.2: Periodic flow over a 2-D hill[Case9.2]のベンチマ [全文を読む]
概要 ここではOpenFOAM[OpenFOAM]を用いて，ERCOFTAC SIG15[SIG15]のTest Case 8.2: Flow through an asymmetric plane diffuser[C [全文を読む]
概要 本問題では、加熱平板を対象として層流強制対流伝熱の解析を行い、実験式から求めた温度上昇値と解析結果との比較検討を行った。なお、本問題では、FFV-C Ver. 1.6.7にて新規に追加された発熱条件設定を適用した。 [全文を読む]
概要 本問題では、円柱周りの流れの解析を行いカルマン渦発生の有無を確認した。さらに、FFV-C Ver. 1.6.7にて新規に追加された発熱条件を円柱全体に与え、円柱からの強制対流伝熱の計算を行った。 解析モデル 入口に [全文を読む]
概要 エストロゲン受容体（ER）50残基モデルに対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー（IFIE）を求めた[1-3]。 関連モジュール BioS [全文を読む]
概要 相互作用エネルギーの見積もりの際、モノマーとダイマーの各計算対象における基底空間の違いを要因として、基底関数重ね合わせ誤差（Basis Set Superposition Error; BSSE）を生じ、過大な安定 [全文を読む]
概要 小規模タンパク質TrpCage（図1）に対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー（IFIE）について比較した。 図1. TrpCageの構造 [全文を読む]
概要 DNA2塩基対（AT塩基対、CG塩基対）に対して、FMO計算をHF法、MP2法、MP3法、MP2.5法に基づき行った。基底関数は6-31G、6-31G*基底を用い、各塩基間のフラグメント間相互作用エネルギー（IFI [全文を読む]
概要 DNA2塩基対（AT塩基対、CG塩基対）に対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー（IFIE）を求めた。図1にDNA2塩基対（AT塩基対、C [全文を読む]
概要 構造を動かしての量子化学計算の検証例 関連モジュール ProteinMD 解析モデル M2タンパク質 計算条件 ・B3LYP ・構造最適化 実行環境 CPU: GPU: Memory: HDD: 詳細説明 M2タン [全文を読む]
概要 HF法によるNMR計算検証α版 ProteinDFとは独立したモジュールとして実装 解析モデル スズメバチ毒素成分の15残基ペプチドmastoparan-XによるNMR計算例 ・PDBの分子構造データ [全文を読む]
概要 複雑かつ多くの色素を持つ巨大タンパク質の全電子計算 関連モジュール ProteinEditor 解析モデル •紅色光合成細菌(Rhodobacter Sphaeroides) 野生種 •参照PD [全文を読む]
概要 流れ場の中に置かれたフィン付き角柱がある。フィンは角柱で発生したカルマン渦列により大きく変形する。この問題で流体構造双方向連成解析機能を検証する。 計算体系を図3.1に示す。 図1-1：流れの中に置かれたフィン付 [全文を読む]
概要 REVOCAP_Refinerの形状適合機能が解析精度に及ぼす影響を検証 検証対象は円形断面片持ち梁のたわみ解析 解析モデル 実行環境 Windows PCを使用 CPU: GPU: Memory: HDD: 詳細 [全文を読む]
概要 最も単純な実例として、グリシン（Gly）15量体についてABINIT-MPにより計算した例について紹介する。 Gly15量体のMP2計算を、フラグメント分子軌道（FMO）法（ESP近似有り、無し）、通常の分子軌道（ [全文を読む]
概要 本格的なタンパク質全電子計算 解析モデル 133残基 2157原子 1BBN 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memo [全文を読む]
概要 本格的なタンパク質全電子計算 解析モデル 100残基 1475原子 1JBI 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネルギー一点計算 ・真空中、カウンターイオン付き 実行環境 CPU: GPU: Memo [全文を読む]
概要 持続型インスリンGlargineの全電子計算 関連モジュール ProteinEditor 解析モデル 52残基 813原子 1AI0:A/Bを基にアミノ酸残基置換 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネ [全文を読む]
概要 超速効性インスリンAspartの全電子計算 関連モジュール ProteinEditor 解析モデル 51残基 784原子 1AI0:A/Bを基にアミノ酸残基置換 計算条件 ・B3LYP/DZVP ・RKS ・エネル [全文を読む]