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ソフトウェア > ライフサイエンス

ミオグロビンの全電子計算

ソフトウェア > ライフサイエンス > 標準密度汎関数法 > ProteinDF > ProteinDF 2012
V&V区分 > Verification 検証

概要 密度汎関数法に基づく分子軌道法を用いてヘムタンパク質であるミオグロビンの電子状態計算を行う。 ヘムの電子状態計算そのもの、ならびにヘテロ分子の取り込み方の習得を行う。 ヒスチジンの互変異生体による電子構造差異を解析 [全文を読む]

タンパク質全電子カノニカル分子軌道計算 ProteinDF

ソフトウェア > ライフサイエンス > 標準密度汎関数法 > ProteinDF > ProteinDF 2012
ソフトウェア > ライフサイエンス > 標準密度汎関数法 > ProteinDF

概要 ガウス型基底関数を用いる密度汎関数(DF)法に基づく分子軌道計算プログラム ProteinDFとは 金属を含むタンパク質の全電子カノニカル分子軌道計算が可能なソフトウェアとして設計・開発 ガウス型基底関数を用いる密 [全文を読む]

インフルエンザNAタンパク質とタミフルの相互作用解析

ソフトウェア > ライフサイエンス > フラグメント分子軌道法 > ABINIT-MP > ABINIT-MP(Ver.5.0)
V&V区分 > Verification 検証

概要 フラグメント分子軌道法を用いてタンパク質-リガンド複合体の電子状態計算を行うとともに、フラグメント間相互作用エネルギー解析により、リガンドと各アミノ酸残基との相互作用を定量的に評価する。 インフルエンザウイルスのN [全文を読む]

小規模タンパク質TrpCageの結晶構造の精緻化

ソフトウェア > ライフサイエンス > フラグメント分子軌道法 > ABINIT-MP > ABINIT-MP(Ver.5.0)
V&V区分 > Verification 検証

概要 FMO法に基づく部分構造最適化により、実験構造の精密化を行った。アミノ酸-アミノ酸間やアミノ酸-リガンド間などの相互作用を解析する上でより 信頼できる立体構造を得ることは極めて重要であるが、ABINIT-MPではM [全文を読む]

エストロゲン受容体とリガンドのsupermolecule-IFIE

ソフトウェア > ライフサイエンス > フラグメント分子軌道法 > ABINIT-MP > ABINIT-MP(20110704)
V&V区分 > Verification 検証

概要 フラグメント分子軌道法を用いてタンパク質-リガンド複合体の電子状態計算を行うとともに、フラグメント間相互作用エネルギー解析により、リガンド と各アミノ酸残基との相互作用を定量的に評価する。 さらに、アポ状態のタンパ [全文を読む]

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