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概要 大規模なタンパク質の実証計算として、インフルエンザウイルスヘマグルチニン(HA)とFab抗体の複合体（原子数が14086個）のFMO-MP2/6-31G計算を行った[1,2]。 図1. HA-Fab 関連モジュール [全文を読む]
概要 大腸菌のcyclic-AMP受容タンパク質(CRP)とDNAとの相互作用について、IFIE map解析を行った[1,2]。 関連モジュール BioStation Viewer 解析モデル cyclic-AMP受容タ [全文を読む]
概要 エストロゲン受容体（ER）50残基モデルに対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー（IFIE）を求めた[1-3]。 関連モジュール BioS [全文を読む]
概要 相互作用エネルギーの見積もりの際、モノマーとダイマーの各計算対象における基底空間の違いを要因として、基底関数重ね合わせ誤差（Basis Set Superposition Error; BSSE）を生じ、過大な安定 [全文を読む]
概要 小規模タンパク質TrpCage（図1）に対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー（IFIE）について比較した。 図1. TrpCageの構造 [全文を読む]
概要 DNA2塩基対（AT塩基対、CG塩基対）に対して、FMO計算をHF法、MP2法、MP3法、MP2.5法に基づき行った。基底関数は6-31G、6-31G*基底を用い、各塩基間のフラグメント間相互作用エネルギー（IFI [全文を読む]
概要 DNA2塩基対（AT塩基対、CG塩基対）に対して、FMO-MP2/6-31G計算及びFMO-MP2/6-31G*計算を行い、フラグメント間相互作用エネルギー（IFIE）を求めた。図1にDNA2塩基対（AT塩基対、C [全文を読む]
概要 最も単純な実例として、グリシン（Gly）15量体についてABINIT-MPにより計算した例について紹介する。 Gly15量体のMP2計算を、フラグメント分子軌道（FMO）法（ESP近似有り、無し）、通常の分子軌道（ [全文を読む]
概要 フラグメント分子軌道法を用いてタンパク質－リガンド複合体の電子状態計算を行うとともに、フラグメント間相互作用エネルギー解析により、リガンドと各アミノ酸残基との相互作用を定量的に評価する。 インフルエンザウイルスのN [全文を読む]
概要 FMO法に基づく部分構造最適化により、実験構造の精密化を行った。アミノ酸-アミノ酸間やアミノ酸-リガンド間などの相互作用を解析する上でより 信頼できる立体構造を得ることは極めて重要であるが、ABINIT-MPではM [全文を読む]